豬糞、牛糞、羊糞、雞糞、鴨糞、鵝糞等，這類原料氮、磷、鉀及有機質含量高，是有機肥生產的主要來源。

農業廢棄物類
秸稈、玉米芯、花生殼、棉籽殼、稻殼等，經過粉碎和發酵后，可增加有機肥的纖維含量和通氣性。
副產物類
酒糟、醋糟、糖渣、味精渣、木薯渣等，這類原料中含有豐富的有機質和微量元素，適合與糞便混合發酵。
綠肥與園林廢棄物
綠化修剪下的草屑、樹葉，以及豆科綠肥植物，均可經過發酵轉化為有機肥原料。
在有機肥生產線中，不同原料通常需要混合使用，以調節碳氮比（C/N）、含水率和發酵溫度。合理配比的原料，配合槽式翻拋機或履帶翻堆機進行發酵，一般7~15天即可完成腐熟除臭。造粒環節可選擇攪齒造粒機、圓盤造粒機或轉鼓造粒機，使成品顆粒均勻、美觀、易儲存。